Mi experiencia me enseño que eliminarlo es una metedura de pata, pero se puede ocultar.
El superior, mejor no ya que tiene solo un simbolo, el infinito.
No sé qué problema hay con Gnome 3. A mi me gusta y para tener accesos directos está la barra de la izquierda. El problema es con wine, ya que es mejor un acceso directo para iniciar un programa (mas sencillo). Lo demás, para qué?
EDITO el post porque me olvidé de decir que puede instalar ALACARTE y con él configurar el menu, incluso los accesos directos (que serán ahora los favoritos), el tipo de icono etc. Esta en synaptic. Aparecerá en aplicaciones, "otras" el Main Menu.
Saludos