Hola.
Mira, yo no conozco Mono, pero yo uso Anjuta para programar en C / C++ y compilo desde terminal, no se si C# sera lo mismo que C++.
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Edito:
Me fije en el gestor de software de mi linux ( 12 Lisa ) y en la seccion programacion aparece el Monodevelop creo que es el que buscas, la descripción del gestor dice asi:
MonoDevelop is a GNOME IDE primarily designed for C# and other CLI (.NET) languages.
Soporta los lenguajes siguientes: C, C++, C# (1.0, 2.0 y 3.0), Vala, Boo, Java, Nemerle, ILasm, ASP.NET y VB.NET.
Features: Debugger Integration (Mono Debugger and GNU Debugger), Class Browser, Assembly Browser, Built-in Help, Monodoc Integration, Code Completion (also known as IntelliSense), Code Folding, Color Schemes, Code Refactoring, On-the-fly error underlining, XML Editing, Embedded HTML viewer, Gettext support, GTK# Designer, MSBuild project support and Makefile Generation.
Lo podes descargar con el gestor o desde terminal con Sudo apt-get install monodevelop
Saludos.