Hola Cuchux indagando un poco, llegue a esta conclusion:
Segun la base de datos de aplicaciones de Wine, el PES 6, funciona, pero no esperes que todo sea facil.

Funciona pero sin sonido, y con muchas limitaciones, como que no puedes jugarlo a otra resolucion que no sea 640x480, ni alta resolucion en pantalla completa, por lo que no exijas demasiado si no te funciona. Tampoco puedes usar joystick, entre otras limitantes.

Es recomendable tener la ultima version de Wine instalada:
 http://appdb.winehq.org/appview.php?iVersionId=7645
como ves en la pagina de Wine esta la version 0.9.44 para este juego,prueba con la version 0.9.59 que es la que tenemos en Linux Mint si ya has probado con la otra.

 También dicen que hay que ponerle un crack para NOCD( Hay una página, que es crackmanworld.com, donde podras descargar cracks y parches con el fin de evitar el deterioro de los discos originales, que así es como lo aseguraban en la página,tambien puedes probar con Amule)Recuerda que aunque tengas la version original del juego el sonido no te funcionara.

Saludos.

Buenas compañero.

Te recomiendo instalar los repositorios oficiales de wine para tener la ultima version de wine (1.1.1)...

Es muy sencillo y se hace con 2 pasos desde terminal:

Abre una terminal y escribe esto para obtener la clave de seguridad del repositorio:

$ wget -q http://wine.budgetdedicated.com/apt/387EE263.gpg -O- | sudo apt-key add -

        *  Para Ubuntu 8.04 "Hardy Heron" (Linux Mint 5):

$ sudo wget http://wine.budgetdedicated.com/apt/sources.list.d/hardy.list -O /etc/apt/sources.list.d/winehq.list


Con esos dos codigos ya tendras los repositorios instalados, simplemente luego ves a synaptic y le das a recargar y listo.


Saludos!

P.D.: la fuente de donde he sacado la información es de http://www.guia-ubuntu.org/index.php?title=Wine